Ved kongelig resolusjon av 6. mars 1843 fikk katolikkene lov til å danne en menighet i Christiania. I 1845 kom den nye dissenterloven som gjorde katolsk virksomhet mulig i hele Norge, og Bergen fikk for første gang etter Reformasjonen besøk av en katolsk prest. 12 år senere sendte Biskop Jacob Lorenz Studach i Stockholm den norskfødte katolske presten Christopher Holfeldt-Houen til Bergen for å opprette en menighet i Bergen, og den første gudstjenesten ble holdt julen 1857, i en leilighet på Kalmargjerdet. Denne leiligheten var menighetens kapell inntil 1867. I 1864 kjøpte man tomten i den nåværende Christiesgate.
Grunnsteinen for den nye kirken ble lagt året etter av bergenseren pater Daniel Stub. Han tilhørte et kloster i Italia, men overtok som sogneprest for menigheten i Bergen i 1864. Tegningen til kirken hadde pater Stub fått av den italienske arkitekten Mella. På grunn av pengemangel, måtte arbeidet skje stegvis og med mange avbrudd. Prestegården stod imidlertid ferdig i 1867, og loftsetasjen ble innredet som kapell.
I 1876 ble menighetens skole startet i prestegården – og så, 29. juni, på apostlene Peter og Pauls festdag – ble kirken innviet av pater Daniel Stub. Han var menighetens sogneprest i 16 år, med pastor Holfeldt-Houen som kapellan frem til 1881. I 1892 døde pater Stub og ble etterfulgt av pastor Grüner.
I 1901 ble St. Fransiskus-Xaverius – kongregasjonen stiftet, med moderhus i Bergen. Tidligere hadde søstre fra Frankrike (1881-1891) og fra Luxembourg (1891-1901) arbeidet i menigheten. I 1896 ble kirkens krypt gravd ut og gjort i stand som foreningslokale. I 1899 ble også det katolske hospital (det nåværende Birgittahjemmet) ved siden av kirken ferdig. Dette bygget vil bli restaurert og sommeren 1998 regner vi med å flytte prestegården ned fra Herman Fossgate 9 til et nyoppusset Birgittahjem i Nygårdsgate 3. Da vil St. Paul menighet- og skolesenter stå ferdig samtidig med at vi kan feire St. Paul skoles 125 års jubileum.
I 1951 hadde menigheten 408 medlemmer; i 1976, ved 100-års jubileet, hadde menigheten vokst til 1112 medlemmer. Ved årsskiftet 1997/98 var tallet på medlemmer steget til 3906 og i dag – februar 2016 har antall registrerte katolikker i St. Paul menighet passert 19.000. Vi kommer fra over 120 land, ca 10.000 fra Polen og Litauen.